万九千神社は、神在祭（毎年の神在月、旧暦10月）に際し、全国から出雲へと参集された八百万神が最後にお立ち寄りになるとの神話を今に伝えています。 八百万神は当社において、出雲路における神議り（かみはかり）を締め括り、神宴（直会＝なおらい）を催したのち、神在月26日から翌未明にかけて諸国へとお旅立ち（神等去出＝からさで）なさるとされています。
遥かいにしえより、「不動の霊地」とされる鎮座地周辺は、古代、出雲国出雲郡神戸郷（いずもぐんかむべごう）と呼ばれていました。神戸とは、熊野大神と杵築大神の御神領のこと。水路と陸路における交通の要衝として、また斐伊川下流域に広がる稔り豊かな大地の鎮めとして、重要な祭場として今に至っています。
万九千社の創祀、創建は定かではなく、奈良時代に編まれた『出雲国風土記』や平安時代の『延喜式』にみえる「神代（かむしろ）社」、「神代神社」が、のちの「万九千社」にあたると伝えています。少なくとも約1300年前には、その歴史をさかのぼることができます。中世になると、当社は「神立（かんだち）社」（鎌倉時代頃）や「神達（かんだち）社」（安土桃山時代）と称されていました。近世になると、「神立大明神」、「万九千大神」などと称され、明治維新以降は、立虫神社（旧村社）の境内社（旧無格社）、「万九千社」として祭られています。
現在の神殿は、平成26年10月10日に明治11年以来、136年ぶりにお建て替えのうえ正遷宮されたものです。
食物の神。農業をはじめとする生産を司られる。またの名を熊野大神と称し、熊野大社（松江市八雲町鎮座）の主祭神。
大穴牟遅神と協力して国土を開拓され、葦原中津国の国造りを果たされた神。農耕をはじめ、諸産業、医薬の道を司られる神。
出雲国をはじめとする国土を開拓され、葦原中津国の国造り、国譲りを果たされた神、農耕、漁業の諸産業、医薬、縁結びを司られる神。またの名を大国主大神、所造天下大神、杵築大神などと称し、出雲大社の主祭神。
毎年の神在月に、日本中の天神地祇（あまつかみくにつかみ）が、当社の磐境、神籬に参集され、神議りや直会をなさることにちなみ、国内全ての神々をまつる。
天下泰平・諸願成就・風雨順時・五穀豊穣・諸産業繁栄・良縁成就・病気平癒・医薬発展・牛馬安全・会議宴会円満・飲食業繁栄・商売繁盛・旅行交通安全・起業、進学、就職成就 など
立虫神社は、出雲市斐川町併川地区の氏神さま、鎮守さまとして、地元の神立、千家に住まいする人々から親しみ深くも厚い信仰が寄せられているお宮です。もとは斐伊川の中洲に鎮座していましたが、江戸時代前期、寛文10年（1670年）、洪水の影響により、現在の万九千社境内に遷されました。
「立虫社」、「立虫神社」の社名は、奈良時代に編まれた『出雲国風土記』や平安時代の『延喜式』に見えますが、その創祀と創建は定かではありません。
社伝によれば、三柱の主祭神は、父神である素戔嗚尊（すさのおのみこと）と共に斐伊川の源流、仁多郡鳥上の峰に来たり坐して、木種を四方に播き植えつつ、当地に至って御鎮座されたといいます。当社はもともと、現在地より南西方向へ約800mほど隔てた所にあった斐伊川の中州（現、神立橋の大津町より付近）に鎮座していました。ところが、江戸時代の寛文年中、大洪水に伴う斐伊川の流路変更の影響により、社殿、社地を他所へと移転せざるを得なくなり、寛文10年（1670年）、近隣の万九千社境内に社殿造営を果たして御遷宮されました。なお、当社はたびたび社地を遷しており、より古くは旧出雲郡河内郷（現、仏経山西方の斐伊川中州あたりか）に鎮座していたとされています。
現境内地に遷られて以降、当社は「神立大明神（かんだちだいみょうじん）」などと呼ばれていました。明治維新以降は古称に復し、「立虫神社」と名を改めて村社に列せられました。大正9年（1920年）には、旧千家村に鎮座していた客（きゃく）神社を合祀。これ以降、旧併川村の氏神、産土神（うぶすながみ）として今日に至ります。先の大戦以降は、神社本庁所属となり、昭和50年（1975年）には、島根県神社庁から特に由緒があり祟敬の篤い神社として、特別神社の称を賜りました。
現在の本殿は、平成26年10月10日に、昭和63年以来となる修造を果たし、正遷宮されたものです。
また、幣殿・拝殿は、昭和48年以来、45年ぶりにお建て替えされ、平成30年11月11日に竣功奉告祭をお仕えしました。
三柱の神は、『古事記』『日本書紀』の神話にも登場され、素戔嗚尊（すさのおのみこと）の御子神として、木材、植林、建築などを司り、それらを広く普及し、耕地の開発に霊験あらたかな神。
二柱の神は、出雲国造千家家ゆかりの旧千家村に大正時代まで鎮座していた客神社の祭神。大正九年に立虫神社へ合祀された産土大神。
耕地開拓､治水繁栄・土木、建築、林業安全繁栄・五穀豊穣 ・家内安全 など
